Располагается в северо-восточной, изолированной части Кремлевского комплекса (бывшего Архиерейского дома).
Здесь между 1740 и 1753 годами при епископе Пимене было выстроено каменное одноэтажное здание, расположившееся между архиерейскими палатами и северной стеной крепостной ограды. В 1770-х годах при вологодском епископе Иосифе Золотом над зданием был надстроен второй этаж, и оно было отдано переведенной сюда духовной семинарии, а позднее, в XIX веке, – здесь разместилась сильно разросшаяся Консистория.
С тех пор Консисторскими стали называть и сам корпус и образовавшийся благодаря его появлению небольшой дворик. Корпус этот был сильно переделан, вероятно, во второй половине XIX века, при этом были изменены фасады с некогда эффектными фигурными наличниками. Первоначальный внешний вид корпуса был иным и почти наверняка был выдержан в стиле барокко. Разумеется, и в XVIII веке здание было гораздо скромнее Иосифовского корпуса.
