До XVIII века кладбища существовали внутри города при церквях и в монастырях. Наиболее ранние сведения о кладбищах Вологды содержатся в переписных книгах XVII века. Согласно им кладбища существовали при Екатерининской, Георгиевской, Златоустенской, Кирилло-Рощенской и Вознесенской церквях. Также археологическими раскопками выявлены средневековые погребения в районе д.33 по ул. Лермонтова, у д. 4 по ул. Воровского, следы перезахоронения XVII—XVIII веков у Софийского собора, кладбище, которое находилось на месте Симоновского корпуса Архиерейского двора, а также средневековое приходское кладбище в Парковом переулке.
Среди монастырей Вологды, где сохранились кладбища, старейшим является Спасо-Прилуцкий монастырь. Известны также уничтоженные в годы советской власти древние кладбища при Свято-Духовом и Горне-Успенском монастырях.
Кроме кладбищ, при церквях и монастырях существовали также «убогие дома» — места, куда в течение холодного времени года складывались тела людей, умерших не своей смертью. После Пасхи (в Семик) тела зарывали в одну общую могилу, а затем служили панихиду. В Вологде убогий дом находился недалеко от часовни Белоризцев (район Горне-Успенского монастыря). Городское духовенство могло быть погребено внутри церквей и соборов. В Софийском соборе существует захоронения 11 вологодских архиереев.
В 1771 году, после свирепствующей в России эпидемии чумы, Сенатом был издан указ о том, чтобы при церквах не хоронить никого, а отвести для этого особые кладбища.
|
…чтобы те кладбища учреждались в удобных местах, расположением от последнего городского жила не ближе 100 сажень, а если место дозволит, то хотя бы и за 300 сажень, и когда не плетнем или забором, то и земляным валом их обносить, но томко бы оный вал не выше двух аршин был, дабы через то такие места воздухом скорее очищались… | 
|
Согласно этому указу в Вологде решено построить три кладбища: Горбачёвское, Глинковское и кладбище при Антипьевской церкви.
Кладбища приходских храмов и монастырей постепенно упраздняются или меняют свой профиль. В 1920-е годы на упразднённом кладбище возле церкви Иоанна Предтечи в Рощенье в братской могиле были похоронены несколько красноармейцев, убитых восставшими крестьянами во время продразвёрстки. Останки красноармейцев в 1960-е годы были перенесены на Введенское воинское кладбище. На кладбище Свято-Духова монастыря в 1925 году был построен стадион Динамо. В период советской власти были уничтожены кладбища практически всех приходских храмов и монастырское кладбище Горне-Успенского монастыря.
На существовавших кладбищах захоронения часто производились поверх старых могил. Для новых могил была расчищена иноверческая часть Горбачёвского кладбища.
При расширении городской территории уничтожались и кладбища деревень — в 1980-е на месте части кладбища при Рождественской церкви села Говорово были построены гаражи и дома, а на месте кладбища в Турундаево — хлебокомбинат. В конце 1960-х годов при строительстве нового Горбатого моста была засыпана бо́льшая часть Богородского кладбища.
